Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının prezidentini akademiklər seçir. Dövlət qurumu olduğu üçün prezident bu seçimi təsdiq edir. Amma əgər AMEA nə vaxtsa hansısa bir ictimai quruma çevrilərsə, o zaman başqa bir qurum və ya dövlət başçısı tərəfindən təsdiqi gerçəkləşdirilmir. Seçilən şəxs birbaşa seçkidən sonra vəzifəsinin icrasına başlayır.
Bu sözləri Milli Məclisin deputatı Fazil Mustafa Teleqraf.com-a açıqlaması zamanı deyib. Deputat əlavə edib ki, AMEA dövlətin nəzdindən çıxarsa, öz-özünü maliyyələşdirməli ola bilər:
“Maliyyələşmə məsələsinə gəldikdə, dövlət elmin inkişafına maliyyə ayırmalıdır. O cümlədən AMEA-nın da. AMEA-nın hansı strukturlarının loqotip olduğunu dövlət özü müəyyənləşdirməlidir. Çünki dövlət büdcəsindəki pulu səmərəli şəkildə xərcləməyə maraqlıdır. Hər hansı elmi tədqiqatlarla və ya başqa bir məsələ ilə bağlı dövlətin sifarişi varsa və AMEA tərəfindən bu gerçəkləşdiriləcəksə, onun maliyyələşdirilməsi vacibdir. Eyni zamanda alimlərin sosial vəziyyətinin qorunması, bu qurumun ictimai nüfuzu və başqa məsələlər dövlət üçün prioritet əhəmiyyət daşıyırsa, onda onlara da dövlət dəstəyini verməlidir. Amma bu bütövlükdə AMEA-nın hansı statusla fəaliyyət göstərəcəyinə baxır. Əgər AMEA gələcəkdə hansısa “publik” hüquqi şəxs statusu ilə fəaliyyət göstərərsə, o zaman özünü maliyyələşdirmə prinsipinə üstünlük verilə bilər. İndiki şərtlərlə Akademiyanın bu yükü qaldırması çox çətindir. Dövlətin dəstəyinə mütləq ehtiyac var. Ona görə də bu mövzu bir az açıq qalır. Elmi mərkəz olaraq universitetlər nə qədər ki, formalaşmayıb, akademiyanın statusunun dəyişdirilməsi də müəyyən dərəcədə olan-qalan elmi potensialın sıradan çıxmasına gətirib çıxara bilər.
AMEA-nın həqiqi üzvü akademik Teymur Bünyadov isə akademiyanın hələ ki, dövlət nəzdində qaldığını bildirib:
“Hələ prezident seçkilərinə bir il var. Seçkilərin necə olacağına gəldikdə isə, qərara alacağıq ki, akademiyanın prezidentini yenidən seçək. Səsvermə olacaq və sonra seçilən şəxs təsdiqlənəcək. AMEA dövlət təşkilatıdır. Dövlət tərəfindən də maliyyələşdirilir.
Qeyd edək ki, Azərbaycan prezidenti, ümummilli lider Heydər Əliyevin 4 yanvar 2003-cü il tarixli sərəncamına görə:
1. Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası Azərbaycan Respublikasında elmin inkişafını təşkil və təmin edən, dövlətin elmi və elmi - texniki siyasətini həyata keçirən, Azərbaycan Respublikasındakı bütün elmi müəssisələrin və ali məktəblərin elmi tədqiqat fəaliyyətini əlaqələndirən və istiqamətləndirən, Azərbaycan Respublikasını xarici ölkələrdə elmi və elmi- texniki fəaliyyət sahəsində təmsil edən ali dövlət elmi təşkilatıdır.
2. Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının prezidenti Akademiyanın ümumi yığıncağında seçilir və Azərbaycan Respublikasının Prezidenti tərəfindən təsdiq olunur.
3. Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının ümumi yığıncağında qəbul olunmuş Nizamnaməsi və strukturu, habelə onlara dəyişikliklər Azərbaycan Respublikasının Prezidenti tərəfindən təsdiq olunur.
4. Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının illik elmi-tədqiqat fəaliyyətinin nəticələri haqqında hesabatı hər il aprelin 20-də Azərbaycan Respublikasının Prezidentinə təqdim edilsin. Həmin hesabatda Azərbaycanda elmi perspektiv inkişaf istiqamətləri haqqında təkliflər də verilir.
5. Müəyyən edilsin ki, Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının maliyyələşdirilməsi hər il Azərbaycan Respublikasının dövlət büdcəsində ayrıca sətirlə göstərilir.
“Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının statusu haqqında” Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2003-cü il 4 yanvar tarixli 836 nömrəli Fərmanının ləğv edilməsi barədə Azərbaycan Respublikası Prezidenti İlham Əliyev 21 iyul 2017-ci ildə yeni Fərman imzalayıb:
Azərbaycan Respublikası Konstitusiyasının 109-cu maddəsinin 32-ci bəndini rəhbər tutaraq, “Elm haqqında” Azərbaycan Respublikasının 2016-cı il 14 iyun tarixli 271-VQ nömrəli Qanununun tətbiqi ilə əlaqədar qərara alıram:
“Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının statusu haqqında” Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2003-cü il 4 yanvar tarixli 836 nömrəli Fərmanı (Azərbaycan Respublikasının Qanunvericilik Toplusu, 2003, № 1, maddə 28) ləğv edilsin.